中华人民共和国成立至1983年，嵊州未设审计专门机构，财经监督职能，由县财政税务等部门行使。1984年4月，根据全国人民代表大会第五次会议公布的《中华人民共和国宪法》第109条规定"县级以上地方各级人民政府设立审计机关，地方各级审计机关依照法律规定，独立行使审计监督权，对本级人民政府和上级审计机关负责"，经县人民政府批准，嵊县审计局正式成立。

1984年10月，县人民政府核定县审计局行政编制6人，后又增编2人，合计8人。建局初期，实有4人，其中党员1人，参加县人民政府办公室党支部活动。单位财务由机关事务局核算管理，办公地点在县府大楼三楼。

1985年11月，绍兴市编委、人事局、财政局、审计局联合发文，增加审计机关编制4人。（绍市编〔1985〕24号）

1986年7月，成立嵊县审计局党支部。

1987年初，增加行政编制10人，合计编制22人。

1987年6月，成立嵊县审计局工会。

同年7月，实行公务员制度，市编委核定编制为24人。

1988年3月，嵊县编委〔1988〕3号文件批复，同意建立嵊县审计事务所，为全民事业单位，实行有偿服务，定编3人，经费由财政拨款。

1988年6月，根据县编委〔1988〕20号文件批复，县审计局设二股一室机构。一股负责商粮贸、农林水、金融保险、行政事业单位审计；二股负责工交、二轻、基本建设审计；办公室负责综合、会计、文书、出纳、档案、车辆、信息等工作。

1989年1月，审计事务所实行自收自支，独立核算。

1990年5月，成立县审计局党组。

1990年7月，县编委同意县审计局增设审计三股，人员内部调剂解决（嵊编〔90〕11号）。局对股室工作范围进行调整，设置三股一室。一股负责行政事业单位、基建审计，二股负责工业、交通企业审计，三股负责粮食、商业、金融、财政审计，办公室职能不变。

1993年11月，省审计局（浙审管字〔1993〕164号）文件批复，同意嵊县审计事务所更名为嵊县审计师事务所，成立时间自嵊县编委批准之日算起。

1995年8月，撤县设市，嵊县审计局改名为嵊州市审计局。

1996年2月，审计师事务所下设二部一室。即工商审计部，基建审计部和办公室。

1997年1月，根据嵊编〔1997〕08号文件批复，审计局机关行政编制24人，领导职数为一正二副。下设四科一室（规格均为股级），一科为行政、事业、基建审计科，二科为工交、外资、企业审计科，三科为商粮贸企业审计科，四科为财政、金融审计科（三科、四科暂合并）。审计事务所编制10名，全民事业单位，经费自收自支。

1998年1月，审计事务所内设机构进行调整，增设验资部。调整后，内设机构有工商审计部、基建部、验资部和办公室。

同年3月根据上级文件，绍兴市会计协会对市事务所进行全面清理检查，验收合格。

2000年3月，市审计师事务所转制为股份制企业，与审计局脱钩。

2001年7月，嵊编〔2001〕12号批复，同意嵊州市基本建设工程审核中心定编5名，经费来源自收自支。

2002年5月，嵊编〔2002〕46号文件核定市审计局机关编制22名，领导职数为一正二副。内设机构仍为四科一室，但对科室职能作了调整，审计一科为行政事业单位审计科，二科为金融外贸经济责任审计科，三科为财政经贸审计科，四科为固定资产投资审计科。办公室名称职能不变。嵊州市基本建设工程审核中心，为全民事业单位，编制5名，经费自收自支。

2003年3月，机关妇女组织成立。

2004年9月，机关团支部成立。

2006年3月，嵊编〔2006〕6号文件批复，同意我局增设法规科和计算机中心2个内设科室，人员编制内部调剂解决。

2007年12月底，市审计局机关定编22名，在职21人；事业编制5名，在职6人。